「木刻的從事者應該以最大的決心，最大的熱誠，團結起來用鮮艷的熱血塗在刀上，刻出被壓迫的民族的出路；使在木板上我們所慣見的飢餓，被迫害，被壓榨的臉顏，變成快樂的，健康的樣子。」

── 黃新波，《沉痛的哀思》，1936

1937年「七七蘆溝橋事變」後，日本全面侵略中國，抗日戰爭爆發，藝術成為團結群眾、宣傳抗戰救國的武器。1938年，黃新波任廣州《救亡日報》特約通訊員，同時加入了中國共產黨並在戰區政治部中負責宣傳和出版，以文字和繪畫團結人民，共同抗日救亡。他積極發揮所長，參與設計刊物封面和創作漫畫與宣傳畫。幾年間，隨着政治部的安排，他從廣東到廣西，一方面從事美術教育的工作，一方面在桂林領導中華全國木刻界抗敵協會，出版多部木刻刊物及籌劃展覽等，以藝術來喚起民族情緒，同抗外敵。

多年戰爭的離亂、人民流離的生活激發了黃新波的創作熱情。由於政治宣傳的需要，他的創作不限於版畫，他亦同時創作別的畫種如宣傳畫、漫畫等。而這時期完成的木刻多達200多幅，作品的藝術構思及技巧大為進步，逐漸擺脫歐洲及蘇聯版畫的影響，開始形成獨特的個人風格。黃新波被喻為「拿刻刀的詩人」，他嘗試把文學的意境灌注在畫面上，讓讀者思索畫中的形象並作出聯想和判斷。他所刻劃人物的形態，像是低語細訴或是激情呼號，使人沉思發生這些慘痛或不合理的事情的原因，亦同時給予受難者安慰。作品《他並沒有死去》（1941）就是紀念「皖南事變」中犧牲的同胞；畫面中強而有力的槍械伴着屍首羣中露出的腳掌，既表達悲憤之情，亦發揮着安魂曲的作用，撫慰死者。

「皖南事變」後，黃新波輾轉到了香港，參加中華全國漫畫家協會香港分會活動。1942年，香港淪陷，他携同妻子與剛出生不久的女兒取道澳門及台山，流亡至桂林。其後黃新波與郁風、楊秋人等舉辦大型畫展「香港的受難」，以抗日戰爭和太平洋戰爭流亡生活為主題，結果引起很大的迴響。作品《負薪》（1942）描寫的是他流亡期間為了節省買柴火的金錢，經常撿拾枯枝回家的情景。但黃新波形容作品並不只是描寫自己艱苦的生活，而是暗喻能點起火光帶給人間溫暖。在抗戰進入最艱苦的階段，人民陷於水深火熱中，黃新波創作了木刻組畫《心曲》（1943）。黃新波沒有於作品中直接描繪當時戰爭的悲慘情況，相反，作品的畫面卻是和平寧靜而富詩意。黃新波希望以藝術來消除人間隔膜及融和友愛，運用詩的意境、充滿哲理的寓意描繪人民在抗戰時期的高尚情操，憧憬美好的未來與希望的願景。體現了他對木刻藝術所堅持的信念：「刻出被壓迫的民族的出路」。

1944年，廣西成為日軍的戰略目標之一，大批文化界人士再次流散，黃新波最終參加了英國東南亞盟軍心理作戰部。1945年抗戰勝利，黃新波回到香港，並擔任《華商報》記者，發表大量木刻和新聞報導，同時開始了油畫創作，嘗試以另一種藝術媒介繼續描畫人間。