「木刻的从事者应该以最大的决心，最大的热诚，团结起来用鲜艳的热血涂在刀上，刻出被压迫的民族的出路；使在木板上我们所惯见的飢饿，被迫害，被压榨的脸颜，变成快乐的，健康的样子。」

── 黄新波，《沉痛的哀思》，1936

1937年「七七芦沟桥事变」后，日本全面侵略中国，抗日战争爆发，艺术成为团结群众、宣传抗战救国的武器。1938年，黄新波任广州《救亡日报》特约通讯员，同时加入了中国共产党并在战区政治部中负责宣传和出版，以文字和绘画团结人民，共同抗日救亡。他积极发挥所长，参与设计刊物封面和创作漫画与宣传画。几年间，随着政治部的安排，他从广东到广西，一方面从事美术教育的工作，一方面在桂林领导中华全国木刻界抗敌协会，出版多部木刻刊物及筹划展览等，以艺术来唤起民族情绪，同抗外敌。

多年战争的离乱、人民流离的生活激发了黄新波的创作热情。由于政治宣传的需要，他的创作不限于版画，他亦同时创作别的画种如宣传画、漫画等。而这时期完成的木刻多达200多幅，作品的艺术构思及技巧大为进步，逐渐摆脱欧洲及苏联版画的影响，开始形成独特的个人风格。黄新波被喻为「拿刻刀的诗人」，他尝试把文学的意境灌注在画面上，让读者思索画中的形象并作出联想和判断。他所刻划人物的形态，像是低语细诉或是激情呼号，使人沉思发生这些惨痛或不合理的事情的原因，亦同时给予受难者安慰。作品《他并没有死去》（1941）就是纪念「皖南事变」中牺牲的同胞；画面中强而有力的枪械伴着尸首羣中露出的脚掌，既表达悲愤之情，亦发挥着安魂曲的作用，抚慰死者。

「皖南事变」后，黄新波辗转到了香港，参加中华全国漫画家协会香港分会活动。1942年，香港沦陷，他携同妻子与刚出生不久的女儿取道澳门及台山，流亡至桂林。其后黄新波与郁风、杨秋人等举办大型画展「香港的受难」，以抗日战争和太平洋战争流亡生活为主题，结果引起很大的迴响。作品《负薪》（1942）描写的是他流亡期间为了节省买柴火的金钱，经常捡拾枯枝回家的情景。但黄新波形容作品并不只是描写自己艰苦的生活，而是暗喻能点起火光带给人间温暖。在抗战进入最艰苦的阶段，人民陷于水深火热中，黄新波创作了木刻组画《心曲》（1943）。黄新波没有于作品中直接描绘当时战争的悲惨情况，相反，作品的画面却是和平宁静而富诗意。黄新波希望以艺术来消除人间隔膜及融和友爱，运用诗的意境、充满哲理的寓意描绘人民在抗战时期的高尚情操，憧憬美好的未来与希望的愿景。体现了他对木刻艺术所坚持的信念：「刻出被压迫的民族的出路」。

1944年，广西成为日军的战略目标之一，大批文化界人士再次流散，黄新波最终参加了英国东南亚盟军心理作战部。1945年抗战胜利，黄新波回到香港，并担任《华商报》记者，发表大量木刻和新闻报导，同时开始了油画创作，尝试以另一种艺术媒介继续描画人间。